
1960年代のアメリカ、若いカップルがハイブとして知られるエイリアンの存在と戦いながら政府の秘密機関から逃走する。

ジョン・F・ケネディ大統領の当選直後にワシントンD.C.に到着したキンバリー・セイヤーズは、恋人のジョン・ローエンガードがチャールズ・プラット下院議員の補佐官としての仕事に飛び込む中、ホワイトハウスで仕事を見つける。空軍のUFO目撃調査を調査するために派遣されたジョンは、宇宙人に誘拐されたと主張するカップルに出会う。そしてワシントンに戻ると、謎の海軍大佐フランク・バッハから声をかけられる。彼のUFOとの歴史は、偵察機パイロットのフランシス・ゲイリー・パワーズが異星宇宙船を追ってソ連上空で撃墜された時まで遡る。危険すぎると警告されたものの、ジョンはバッハと対峙し、極秘プロジェクト・マジェスティックに採用されるが、その最も厳重に守られている秘密には地球外生命体の遺体も含まれている。ガールフレンドと上司を抱えたジョンは、バック氏が人間の体を乗っ取っていると主張する寄生性の外来生命体が生息しているアイダホ州の農家にインタビューするために派遣される。その後、キムがジョンが来るのを疑うようになり、ゴイ

ケネディ暗殺後、バッハはローエンガードが宇宙人の侵略を大統領に証明するために使用した遺物を回収するためにダラスへ向かう。しかし、ジョンはロバート・ケネディからそれを手に入れるよう派遣され、トルーマン大統領が侵略を直接知ったときにニューメキシコにいた政府高官ジェシー・マーセルと出会う。マーセルは、長年そこに墜落したと疑われていたエイリアンの宇宙船が実際に撃墜されたと主張する。

夢はセイヤーズをフロリダに引き寄せることです。そして、バッハもそれほど遅れていないが、ローエンガードはしぶしぶ、彼女が見ている宇宙飛行士の捜索を手伝うことに同意する。マジェスティックがエイリアンの基地を見つけるための宇宙探査機の準備をしている間、キムとジョンはケープカナベラルに到着し、そこでエイリアンの船に一緒にいたと思われる宇宙飛行士、タイ・ヨントを発見する。ヨントも彼女の夢を見ていたことを認めるが、乗組員のゲイリー・オーガトリューに急いで連れ去られたが、キムに面会を求めるメモを渡す前に。一方、カリフォルニアでローエンガード一家との致命的な遭遇を生き延びたマジェスティック・マントからエイリアンとなったジム・スティールは、ジョンとキムの追跡を続けている。

ニューヨーク市で受信した異星人の無線通信を追跡したローエンガードとセイヤーズは、ハイヴがエド・サリバン・ショーでのビートルズのアメリカデビューを巡って作戦を計画しているのではないかと疑う。準備が進むスタジオでは、不審なものは見つからなかった。しかし、追跡していた無線オペレーターが最近謎の交通事故で亡くなったことを知り、彼らは別のオペレーター容疑者の 2 番目の電話番号を見つけます。一方、バッハはハイブが一部の拉致被害者を拒否しているという証拠を偶然発見する。

スティールで見つけたポーカーチップ500ドルを手に、ローエンガードとセイヤーズはラスベガスへ向かう。ジョンがゲームテーブルに向かう途中、キムは仕事を見つけ、カジノの賞金をハイブの運営資金に充てようとする計画について、思っている以上に知っているカクテルウェイトレスのスーザン・スウェンソンに出会う。一方、ジョンはテレパシーを使って勝算を打ち破っているのではないかと疑う大勝者に焦点を当てる中、彼とキムは風変わりなカジノオーナー、ハワード・ヒューズと面会するために連れてこられる。

ウィスコンシン州でいくつかの目撃情報があった後、ローエンガードさんとセイヤーズさんは、酪農家のケスター・ベームさんに、彼が見てきた奇妙な光と群れの一部の異常な死について質問する。彼の牛のうちの 1 頭に 3 つの三角形の結節が移植されているのを見つけた彼らは、ベームの問題に詳しい獣医学部の大学院生、マーク ワーリングに会いにウィスコンシン大学へ向かいました。すでにマジェスティックからこの件について話し合うなと警告されていたが、ワーリングは説得されて話をし、ベームの牛から見つかったインプラントが特殊なものではなかったことを明らかにした。

謎の磁気擾乱を追跡し、ローエンガードとセイヤーズは北のアラスカ州チリワックへ向かう。そこで、地元の牧師であるゲイリー・バロー牧師が、彼らを叔父のタグ・バローに紹介します。 2,000年前に空から落ちた星についてのトリンギット・インディアンの古い伝説を聞かされたジョンとキムは、この部族がはるか昔にハイヴと接触しており、紀元前100年に自分たちの村の近くで墜落した船を守っていたのではないかと疑う。しかし、ジョンとキムは神聖なトリンギット遺跡を調査中に、1964 年のアラスカの大地震に巻き込まれました。

ローエンガードの妻キムは、デンバーで行われる妹の結婚式に欠席するわけにはいかないと決意し、ジョンが彼の恐ろしい秘密を知る数少ない人物の一人と会う間、ジョンからこっそり逃げ出す。キムの妹が結婚を予定している男性はロブ・ウィンターですが、見た目とは異なります...彼はマジェスティックのエージェントです。任務の過程で、ロブは本当にキムの妹と恋に落ち、最終的には、派遣された仕事を果たさず、キムとその家族に危害を加えるために送られた人々を殺害してしまう。

議員の同僚マーク・サイモンソンからのメッセージを受けて、ジョンとキムはミシシッピ州メリディアンに引き寄せられるが、そこでは3人の公民権活動家が失踪し、投票権をめぐる闘争が暗雲に包まれている。キムが町にハイブの存在を感知していると、ローエンガードがミシシッピ州にいるというニュースがバッハに行動を起こさせる。その後、エタ・メイ・ティルマンから連絡を受けたジョンとキムは、行方不明の公民権運動の同僚3人の致命的な運命から逃れた後、サイモンソンが隠れている場所に案内される。

大学の同級生ロバート・デューイの不審な自殺の後、ジョンとキムは旧友のナット・ヘラーとジーナ・アボットに会うためにロサンゼルスに到着する。デューイの遺体が検視局の職員を名乗る人物によって不思議なことに押収されたことを知ったキムは、調査のため葬儀場へ向かう。茂みの中に潜んでいたカメラマンを発見した彼女は、デューイの遺体の撤去を記録していた映画学生のジム・モリソンと出会う。ジョンは疑念を抱いているが、キムはモリソンと友達になり、彼が知っていることを聞き出そうとする。

ケネディ大統領とその暗殺者の両方の死後、バッハはエイリアンの巣がマジェスティック内部にスパイを仕掛けていることに気づきました そしてすべての証拠は彼の信頼する側近ジム・スティールを示しています。しかし、スティールはエイリアンガングリオンを体から追い出そうとして失敗し、マジェスティック複合施設に逃げ込んでしまう。一方、ローエンガードとセイヤーズはカリフォルニアにあるジョンが幼少期を過ごした家に戻るが、そこでジョンの兄レイからの不安な歓迎を受けて、彼らの間に長年の緊張が再び生まれる。

ウォーレン委員会が弟の暗殺を捜査している中、ロバート・F・ケネディ司法長官はジョンに証言を要請する。バッハの警告にもかかわらず、ケネディはローエンガードが彼をマジェスティックに導いた出来事を説明する前に、自らの証言で道を切り開く。そして、ジョンが懐疑的な最高裁判所長官アール・ウォーレンと彼の同僚の委員会メンバーに自分の話を説得するまでには長い道のりがあるが、バッハ氏はとにかく彼の信用を徹底的に傷つけることを決意した。

ソ連工作員がトンキン湾上空でハイブ船に発砲すると、バッハは米国海軍艦艇が標的だったと主張し、ベトナム戦争への関与を開始した。ハイヴの船が空爆された後、バッハは偵察任務のためにローエンガルドを誘拐する。しかし、軍関係者がマジェスティックのジュリエット・スチュアートがロシア人と連携してハイブを追跡することに難色を示すと、バッハは自らもローエンガルドの遠征に参加する。ベトナム人ガイドのタイ・マーとチームを組んだローエンガードは、グレイの生首を発見した際に狂気のアメリカ兵に遭遇する。そして、ジョンが墜落現場にベトコンが訪れていることを知ると、バッハはジョンに、ベトコン全員を殺す可能性のある空爆を要求しながら、それを破壊するよう命令する。

ローエンガルドとアルバーノの間の緊張にもかかわらず、バッハはジュリエットが持つグリフ解読器を手に入れようと決意する。それがマジェスティックの乗っ取りに役立つ可能性のある兵器であることに気づいたジュリエットは、バッハがエイリアンの船を誘致するためにそれを使用することに同意します。ローエンガード、セイヤーズ、ジュリエットが着陸地点を示すと思われるミステリーサークルの再現に取り組んでいると、夫を亡くした農夫の若い娘が彼らの作業現場に紛れ込んでいた。そして、ジョンとキムは彼女を家に連れて帰りましたが、モニカ・グレシャムがあまりにも多くのことを見ていないことを祈るばかりです。その後、彼らの策略が成功して船を引き付けることに成功し、船を拿捕しようとする試みと乗組員は失敗に終わります。そこでバッハは、ジョンとキムに負傷したグレイを自分たちで探す時間を与える。父親の農場に避難するエイリアンは、死んだ母親に会う機会をモニカに約束して協力を求めます。グレイが近くにいることを察知したキムとジョンは監視を開始した。船に残された別の重要な遺物を探しているモニカを見つけた彼らは、グレイが隠れている彼女の家を追いかけます。そしてあなたは

キムが不思議なことにカリフォルニアで赤ちゃんを産まなければならないと感じたとき、バッハは彼女を、かつてハイブに誘拐された妊婦たちを担当する医師の元に送り込む。キムが妊娠中の母親ルビー・トーマスとともに監視される西海岸に到着すると、ワッツでは人種暴動が勃発した。その後、ローエンガードが父親となる仲間のジョージ・トーマスと友人になる中、キムと胎児の息子がLAでハイブに誘拐される中、マジェスティックで監視下に置かれていたグレイが昏睡状態から目覚める。そして、マジェスティックのエイリアンのアーティファクトの1つを使用してグレイと通信し、アルバーノはキムに裏切られたと感じていることを知りました。

スティールがセイヤーズにハイブへの帰還を喜んで受け入れるよう働きかける中、ローエンガードは自分を妻のもとへ導いてくれると信じる人物を探す。それで、バック・ジュリエットが反戦運動の高まりにハイブが潜入しているバークレーに行くとき、ジョンは自分がキムの居場所を突き止めるために利用されているとは知らずに同行するよう主張する。ジョンはキムを見つけたものの、息子を訪ねてスティールに同行するキムを止めることができなかった。そして、ジョンとジュリエットが反戦活動家のジェリー・ルービンにここの居場所について質問する中、ワシントンに戻ったバックは、ベトナム戦争をマジェスティックへの資金調達に利用できると考えていた。

トルーマンと異星人との面会の映像が盗まれたため、バッハはローエンガルドを元マジェスティック医師のカール・ヘルツォークに会いに行かせる。ヘルツォークはその所在について一切の知識を否定した後、自殺と思われる形で絞首刑に処せられた。その後、アルバーノが映画がテレビタレントのドロシー・キルガレンの手中にあることを発見し、キムは自分の子供がハイブで偉大になる運命にあることを知る。ローエンガードとジュリエットが彼女をニューヨークまで追跡すると、キルガレンは記者のエド・ホーキンスに、もし彼女に何か起こったら映画を放映するよう頼む。そして、キルガレンがローエンガードの警告に耳を傾けようとしないとき、アルバーノが彼女のアパートを監視していると、スティールがフィルムを取り戻そうとしているのが発見される。しかし、誰かがそこに到着する前に、彼女は殺されてしまいます。一方、キムがネットワークニュースアンカーマンのアシスタントとしてCBSに潜入すると、アルバーノはネットワーク社長でマジェスティック取締役のウィリアム・ペイリーに助けを求める。

ソ連側からマジェスティックへの不穏なメッセージを受けて、バッハはローエンガード、ジュリエット、陸軍少佐コリン・パウエルを含むチームを編成して調査を行う。チームはオーラ-Zの職員のほとんどが死亡していることを発見するが、生き残った2人の研究者を発見する。リュドミラとパーベルが、囚人を使った実験が裏目に出たことや、オーラ-Zとジュリエットの指導者であるドミトリ・ミロノフ大佐の首を米国に戻している囚人たちのことを語る中、バッハはハイブの故郷の惑星を見つけるために天文学者のカール・セーガンに協力を求める。

惑星サイズの物体が地球にメッセージを送信していると警告を受けたバッハは、マジェスティック社の取締役たちに知らせないようカール・セーガン博士にそれを解読するよう命令する。そして、アルバーノは秘密にされているが、捕らえられたグレイにその内容を解明するよう頼むことに同意する。一方、ローエンガードとジュリエットはティモシー・リアリー博士を使って、ハイヴがスティールとキムの指示で幻覚剤を製造していたサンフランシスコの研究所を見つけ出す。そしてキムがジョンの顔にその薬を投げると、ジョンはハイヴの船に乗っている息子の姿を見ることになる。
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