隱瞞忍者過往的凛（木村文乃）以醫師・源三郎（高橋克実）助手身份，與無血緣之女時（田牧そら）安穩生活。某日為求時的治病藥物，凛與源三郎遠赴岡田村，卻遭恐怖怪物襲擊, 那正是啃食人肉的活屍「群凶」……。另一邊，謎樣男子・士郎（田中樹）造訪遊郭，向遊女傾訴身世之謎……。
當凛等人遭相撲群凶逼入絕境時，劍術達人・十兵衛（山本耕史）現身相救。取得藥物的凛與源三郎，在自願同行的十兵衛護送下急返多胡驛站。此時保有意識卻淪為怪物的士郎，也懷抱某種目的前往多胡驛站。而凛的忍者母親・頭領氷雨（富田靖子），正藉群凶之亂暗中策劃……。
當時遭異變兵藤（高橋光臣）襲擊時，士郎現身解圍。同時奉德川之命的十兵衛與英郎（西村拓哉）拘捕源三郎。凛雖與時重逢，為救源三郎被迫對抗十兵衛率領的討伐眾。更甚者，率領忍者集團的氷雨現身多胡驛站……各方勢力交錯中，凜竟遭遇始料未及的悲劇, 。
殘酷命運撕裂凛與時的羈絆。喪失求生意志的凛被囚於辰村牢獄，結識遭女囚雲雀（佐藤江梨子）欺凌的櫻（穂志もえか）。辰村學者仙谷（室龍太）研發的群凶藥物引發慘劇，凛等人深陷災厄。另一邊，遭柳生宗矩（矢島健一）貶謫至辰村的十兵衛，從英郎口中得知震撼真相。
凛追蹤士郎至櫻的故鄉墓里村，卻發現士郎已離去，從隱蔽基督徒老嫗末（濱田マリ）口中得知時復生之事。凛照料櫻病兒勘太贏得村民信任，然而……。江戶城內，脫獄的士郎與血脈相連的家光對峙。十兵衛與家光更揭露德川安寧背後的恐怖真相。
家光命令十兵衛誅殺士郎。凛雖與時重逢，時卻遭企圖利用其牟利的氷雨擄走。決意帶時遠渡異國的士郎，奉家光之命率討伐眾的十兵衛，以及為救時決戰氷雨的凛, 群凶環伺下，三方展開殊死搏鬥……。血戰盡頭，凛與士郎選擇的生存之道將是……
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