Absentia se centra en un agente del FBI que, mientras caza a uno de los asesinos en serie más famosos de Boston, desaparece sin dejar rastro y es declarado muerto. Seis años después, la encuentran en una cabaña en el bosque, apenas con vida y sin recuerdos de los años que estuvo desaparecida. Al regresar a casa y descubrir que su marido se ha vuelto a casar y que otra mujer está criando a su hijo, pronto se ve implicada en una nueva serie de asesinatos..
Cuando la agente del FBI, Emily Byrne regresa, después de haber estado desaparecida por seis años, la investigación de su ausencia perturba a sus seres queridos.
Emily es acusada de ser una asesina en serie. Conrad Harlow, es liberado de prisión, Y Emily todavía no tiene pistas sobre su secuestro y lo que pasó mientras estaba cautiva. Mientras Emily lucha por seguir con su vida normal, un testigo aparece haciendo inquietantes declaraciones sobre Emily.
Cuando el testigo en contra de Emily es asesinado, Nick y Emily deberán probar su inocencia antes de que Tommy Gibbs y el departamento de policía la arresten.
Con la Policía de Boston que le exige a Emily que se entregue sin poder probar su inocencia. Entonces ella, toma una decisión que podría alejarla de Flynn para siempre.
Nick y Tommy son testigos del asesinato de un agente del FBI y sospechan que Emily lo hizo. Mientras tanto, ella usa la información del interrogatorio de Adam para descubrir más evidencia.
Después de evadir a las autoridades, Emily regresa a Boston para descubrir que la única persona que puede ayudarla podría ser la que tambièn busca destruirla.
Con nueva información sobre su secuestro, la investigación de Emily la lleva a indagar su infancia. Mientras que Nick enfrenta otra tragedia.
Alice y Flynn son secuestrados por una persona misteriosa, mientras Nick sospecha que Emily fue la que raptó a su familia y trata de encontrarlos. Luego, un reportero asalta a Jack cada vez que quiere obtener información exclusiva.
Emily huye con una pista que tiene la clave para resolver su caso.
El presente y el pasado de Emily colisionan en un enfrentamiento impactante.
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